Čokoláda má však i stinné stránky. V dobách minulých byla ideální pro maskování chuti jedu. Je známo, že papeže Klimenta XI, který potlačil jezuity, otrávil jeho vlastní cukrář. Podle dnešních výzkumů však čokoláda může být tak trochu jedem sama o sobě. Heslo "všeho moc škodí," by se dalo aplikovat právě na konzumaci čokolády. Přejídání čokoládou samozřejmě nese zdravotní rizika. Nadbytek čokolády a sladkostí leptá žaludek a rozhodně neprospívá našemu trávení. Na přílišnou konzumaci čokolády se váže také nadváha. Čokoláda obsahuje velké množství tuku, ať už je to mléčný tuk, nebo tuk z kakaových bobů. V některých zemích se dokonce uvažuje o zavedení zvláštní nálepky na čokoládu s textem "nadměrná konzumace tuku škodí zdraví." Odborníci na výživu proto doporučují nahrazovat sladkosti ovocem či ořechy.